Для того чтобы эмульгировать жир и получить более тонкую структуру плавленого сыра, сыр после расплавки подвергается процедуре эмульгирования.
Весь процесс эмульгирования проходит следующим образом: горячая сырная масса по трубопроводам при помощи роторного насоса поступает из аппарата-плавителя в эмульсор. После эмульгирования сырная масса направляется на фасовку либо возвращается на предыдущую стадию подвергается повторному плавлению в случае, если она недостаточно эмульгирована. Чтобы предохранить плавленые сыры от плесневения можно использовать сорбиновую кислоту, которую вносят в конце периода плавления, растворив ее предварительно в воде температурой до тридцати градусов по Цельсию.
В целях предохранения плавленого сыра (особенно пастообразного) от возможности всучивания при обилии масляно-кислых бактерий рекомендуется использовать антибиотик низин (полипептид), который вырабатывается некоторыми штаммами. В плавленый сыр его вносят из расчета полтора грамма на десять килограмм готового продукта. Все количество препарата вносят в сухом виде в сырную смесь перед плавлением сыра, тщательно ее перемешав.